◆ Jmolで見るトピックス分子(24-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-1180
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 雑誌特集『匂いとフェロモンの科学』,「科学」2023年5月号 ※一部生体分子・化合物のモデルを以下に。

    ボンビコール(bombykol)
    p.402・439 ボンビコール:ボンビコール(bombykol) → 別トピック
    p.405 αグロビン:1hhoのChain A(α-グロビン,ヘモグロビン構成タンパク質〈HBA〉) → ヘモグロビン
    p.406 mRNA(メッセンジャーRNA):mRNA部分構造例(UUUUUUUUUUUU) → コドンと遺伝暗号表
    p.407 CRISP:1wvr(CRISP;ハブ毒 / 神経毒トリフリン〈triflin〉)
    p.408ほか フェロモン受容体: フェロモン受容体構造例 7ad3のChain B・H(フェロモン受容体〈クラスD GPCR,Ste2〉) → GPCR [Fungal mating pheromone receptors - Wikipedia
    p.415 アンドロステノン:アンドロステノン(androstenone)
    p.415・416図1 OR7D4: OR7D4のAlphaFold2構造 AF-Q8NG98(OR7D4のAlphaFold2構造;UniProt id Q8NG98) Arg88・Thr133球棒表示/α炭素ラベル表示(p.416図1 参照) → AlphaFold構造
    p.418 ベータイオノン:β-イオノン(β-ionone) → 香りの分子事典
    p.417 トリメチルアミン/p.419・420 メチルメルカプタン/p.419 硫化水素:トリメチルアミン | メチルメルカプタン | 硫化水素 → 悪臭の正体
    p.426 イリドミルメシン/ネペタラクトール:イリドミルメシン(iridomyrmecin;マタタビラクトンの例) | cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol)  → Jmolトピック
    p.433 メントール:(+)-メントール → (-)-メントールと(+)-メントール
    p.437 ユーカリプトール/フェニルエチルアルコール/シトロネロール/オイゲノール:ユーカリプトール(1,8-シネオール) | β-フェニルエチルアルコール | α-シトロネロール | オイゲノール → 香りの分子事典
    p.440 Z-11-hexadecenal:Z-11-hexadecenal(Z-11-ヘキサデセナール)
    (適宜追加します)

    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から ボンビコール(bombykol),Z-11-hexadecenal(Z-11-ヘキサデセナール),ユーカリプトール(1,8-シネオール,1,8-cineole)

        
    [左]イリドミルメシン(iridomyrmecin;マタタビラクトンの例) [中・右]cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol)とその有機概念図上の位置

      
    [左]フェロモン受容体構造例のChain B・H(フェロモン受容体〈クラスD GPCR,Ste2〉)
    [右]OR7D4のAlphaFold2構造(UniProt id Q8NG98),ARG88・Thr133を球表示(特集p.416図1 参照)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 今月の分子 281:セルラーゼとバイオエネルギー(Cellulases and Bioenergy)(PDBj,2023/05)Molecule of the Month(PDB)

    セルラーゼ8cel(現在は削除されている理論モデルの構造;上掲記事では7cel掲載)
    Cellulase - Wikipedia
    8cel(セルラーゼ) 同PDBsumデータ8cel_GLC9$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    セルロースが結合したセルラーゼ 8cel(現在は削除されている理論モデルの構造;上掲記事では7cel掲載)とそのPDBsumデータ


  3. Addressing the Osimertinib Resistance Mutation EGFR-L858R/C797S with Reversible Aminopyrimidines(ACS Medicinal Chemistry Letters,2023/04/18) ※2023/05/03公開7zym・7zyn(下掲)・7zyp・7zyq

    阻害剤WZ4002が結合した上皮成長因子受容体(EGFR) 7zyn
    Epidermal growth factor receptor - Wikipedia
    7zyn(阻害剤WZ4002が結合したEGFR) Met790・Ser797球棒表示/α炭素ラベル表示(T790M/C797S変異部分) 同PDBsumデータ7zyn_0UN(WZ4002)$PDBsumデータ7zym_6GY(ブリグチニブ〈brigatinib〉)$ [Brigatinib - Wikipedia
    8h7xのChain A(ブリグチニブが結合したEGFR) Met790・Ser797球棒表示/α炭素ラベル表示(T790M/C797S変異部分) 同PDBsumデータ8h7x_lp(ブリグチニブ)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]阻害剤WZ4002が結合した上皮成長因子受容体(EGFR)7zyn [中]ブリグチニブ(brigatinib)が結合したEGFR 8h7xのChain A
    [右]7zyn(WZ4002結合),7zym(ブリグチニブ結合),8h7x(同)のPDBsumデータ比較


  4. 新鉱物「北海道石」を北海道の2産地から発見(大阪大学,2023/06/14) ※“北海道石(Hokkaidoite)は、炭素および水素のみよりなる有機化合物「ベンゾ[ghi]ペリレン」の天然結晶”,“これは、コロネンと呼ばれる有機化合物の天然の前駆物質であると考えられ…”。記事中のベンゾ[ghi]ペリレンとコロネンを下掲

    ベンゾ[ghi]ペリレン(benzo[ghi]perylene)
    Benzo(ghi)perylene - Wikipedia
    ベンゾ[ghi]ペリレン(benzo[ghi]perylene)
    鉱物に含まれるベンゾ[ghi]ペリレン以外の有機化合物例:コロネン(coronene;カルパチア石) [Coronene - Wikipedia] | ピセン(picene;イドリア石) [Picene - Wikipedia
    ※参考:ベンゾ[ghi]ペリレン,ダイヤモンド,グラファイトの同時表示 → ダイヤモンド,グラファイトについては分子・結晶・リガンド模型
    ベンゾ[ghi]ペリレン(benzo[ghi]perylene)とコロネン(coronene)の同時表示

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色 炭素色を
     
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ベンゾ[ghi]ペリレン(benzo[ghi]perylene) [右]同分子とコロネン(coronene)の同時表示(は炭素)

      
    ベンゾ[ghi]ペリレンとダイヤモンドとグラファイトの同時表示(アニメgifでは炭素)およびその3Dプリンタ模型(スタジオミダス製作)

        
    左から 日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2023での北海道石展示,同解説パネル,ベンゾ[ghi]ペリレン・コロネン・ピセンを含む展示鉱石
    日本コンピュータ化学会2023秋季年会一般公開イベント(2023/11/26,高松市 レクザムホール)でも展示させていただきました。 → 会場写真


  5. タウリンに寿命を延ばす効果? ただしミミズとマウス、サルに限る(CNN.co.jp,2023/06/09)

    タウリン(taurine,アミノエタンスルホン酸)
    Taurine - Wikipedia
    タウリン(taurine,アミノエタンスルホン酸)
    参考(タウリン結合タンパク質例):1gqwのChain A(タウリンジオキシゲナーゼ) TAU(タウリン)選択 同PDBsumデータ1gqw_TAU$ [Alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases - WikipediaTaurine dioxygenase - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]タウリン(taurine,アミノエタンスルホン酸)
    [中・右]参考データとしてタウリンが結合したタウリンジオキシゲナーゼ1gqwのChain AとそのPDBsumデータ


  6. 今月の分子 283:c-Ablタンパク質キナーゼとイマチニブ(c-Abl Protein Kinase and Imatinib)(PDBj,2023/07)Molecule of the Month(PDB) ※「今月の分子 No.282 - 嗅覚受容体(PDBj,2023/06)」は別ページ参照

    セルラーゼ2hyyのChain A(イマチニブが結合したc-Ablタンパク質キナーゼ)
    2hyyのChain A(イマチニブが結合したc-Ablタンパク質キナーゼ) 同PDBsumデータ2hyy_STI$
    1iepのChain A(同上) 同PDBsumデータ1iep_STI$
    イマチニブ(imatinib)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]イマチニブ(imatinib) [中・右]イマチニブ(imatinib)が結合したc-Ablタンパク質キナーゼ2hyyのChain AとそのPDBsumデータ

        
    [左]分子標的薬の例イマチニブを含む1iepのPDBsumデータより
    [中・右]イマチニブが結合したキノンレダクターゼc-Abl 1iepおよびAlphaFill構造 P00520データ掲載ページ)のPDBsumデータと後者の全体構造
    ※「今月の分子 283:c-Ablタンパク質キナーゼとイマチニブ」ではAlphaFill構造 P00519紹介


  7. Exploration of novel αβ-protein folds through de novo design(Nature Structural & Molecular Biology,2023/07/03) ※2021/03/24公開7bqb・7bqc・7bqd・7bqe・7bpl・7bpm・7bpn・7bpp(7bqb・7bqcを下掲)

    NF6-02構造7bqbのModel 1
    7bqbのModel 1(NF6-02構造)
    7bqcのModel 1(NF4-04構造)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    NF6-02構造7bqbのModel 1とNF4-04構造7bqcのModel 1


    参考図:タンパク質の高次構造のいろいろ;スーパーフォールドの例(水素結合表示,リガンドは球棒モデル)
    グロビン(1thbのChain A),アップ-ダウン(256bのChain A),UBαβロール(1ubqユビキチン #2004年ノーベル化学賞
    αβサンドイッチ(1apsのModel 1),TIMバレル(7timのChain A),doubly wound(2fox
    免疫グロブリンフォールド(2rhe),Trefoil(1i1b),Jellyロール(2stv

    美宅成樹・榊佳之 編,「バイオインフォマティクス」,p.175,東京化学同人(2003)
    ◎後藤祐児・高橋聡,『タンパク質フォールディングの昼と夜』,現代化学,2004年9月号,pp.26-33,東京化学同人
    生体分子のかたちの不思議


  8. 甲状腺ホルモンアナログTRIACに注意―新たな機序を介した内分泌かく乱作用を発見―(京都大学,2023/07/10)

    TRIAC(tiratricol,チラトリコール)
    Tiratricol - Wikipedia
    TRIAC(tiratricol,チラトリコール)
    トリヨードサイロニン(triiodothyronine,T3;3,5,3'-トリヨードチロニン) | 参考(トリヨードサイロニン結合タンパク質のPDBsumデータ例):1xzx_T3$
    レボチロキシン(levothyroxine,T4;3,5,3',5'-テトラヨード-L-チロニン,L-チロキシン) | 参考(レボチロキシン結合タンパク質のPDBsumデータ例):1y0x_T44$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]TRIAC(tiratricol)および甲状腺ホルモンのトリヨードサイロニン(triiodothyronine,T3)とレボチロキシン(levothyroxine,T4
    [右]レボチロキシン(levothyroxine,T4)の川上モデル(H原子は略)


    トリヨードサイロニン(T3)結合タンパク質1xzxおよびレボチロキシン(T4)結合タンパク質1y0xのPDBsumデータ


  9. Arsenite oxidase in complex with antimonite and arsenite oxyanions - insights into the catalytic mechanism(Journal of Biological Chemistry,2023/07/05) ※2023/04/06公開8cff(下掲)

    亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ8cffのChain A・B
    Arsenite oxidase - Wikipedia
    8cffのChain A・B(亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ) AST(亜ヒ酸)選択 同PDBsumデータ8cff_lp$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ8cffのChain A・BとそのPDBsumデータ


  10. Mega-scale experimental analysis of protein folding stability in biology and design(Nature,2023/07/19) ※引用PDBデータ2hbb(下掲)・2cuw・2fgg・1e68・2mp8・2c0s・2lgn・3l1x・2k1b・2mi6・2kcm・1qkx・2btt・2lgw・2och・6rzy・1jic・1qkhほか;図示されている6m3nを下掲。

    抗CRISPRファミリーAcrIF7 6m3nのModel 1
    6m3nのModel 1(抗CRISPRファミリーAcrIF7)
    2hbb(50Sリボソームタンパク質L9〈NTL9〉)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール(東京大学プレスリリース図3を参考に着色)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]抗CRISPRファミリーAcrIF7 のModel 1 [右]天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール(東京大学プレスリリース図3を参考にした着色例)


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