◆ Jmolで見るトピックス分子（13-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2015/08/19 新規公開データより：4y28 The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution


    		4y28（光化学系I）
    4xk8のChain A-L・1-4（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体）　同色素（クロロフィル，カロテノイド等）と鉄硫黄クラスターのみ
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    CLA（クロロフィルa）選択　CHL（クロロフィルb）選択　SF4（Fe4S4）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4y28（光化学系I）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2015/08/26 新規公開データより：4xjs Human CD38 complexed with inhibitor 1 [6-fluoro-2-methyl-4-[(2,3,6-trichlorobenzyl)amino]quinoline-8-carboxamide]　※他に4xjt公開。

    PDBデータ 4xjs（阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38）
    ［CD38 - Wikipedia］

    		4xjs（阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38）　同PDBsumデータ4xjs_733$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4xjs（阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38）とそのPDBsumデータ

  3. 塩野義製薬の「エイズ薬」は、いったい何がスゴイのか（ソフトバンク ビジネス＋IT，2015/08/25）　※“最も有望なのが抗HIV（エイズウイルス）薬の「テビケイ（Tivicay）」”。一般名ドルテグラビル（dolutegravir）を下掲。

    ドルテグラビル（dolutegravir）
    ［Dolutegravir - Wikipedia］

    		ドルテグラビル（dolutegravir）
    PDBデータ 3s3m（プロトタイプフォーミーウイルス（PFV）のインテグラーゼとDNA；ドルテグラビルが結合）　同Chain A　DLU（ドルテグラビル）選択　同PDBsumデータ 3s3m_DLU$　［Integrase - Wikipedia］
    PDBデータ 6u8qのChain A・G・H（ドルテグラビルが結合したHIV-1のインテグラーゼ）　同PDBsumデータ 6u8q_DLU$ ｜　PDBsumデータ 6vdk_DLU$
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    DNA/RNA選択　同backbone選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ドルテグラビル（dolutegravir）　［右］ドルテグラビルを含むPDBデータ例3s3mと同PDBsumデータ

      
    ドルテグラビルが結合したHIV-1のインテグラーゼ6u8qのChain A・G・Hと同PDBsumデータ（6vdkと上記3s3mとの比較）

  4. Siderocalin-mediated recognition, sensitization, and cellular uptake of actinides（PNAS，2015/08/03）　※アクチノイドのPu，Am，Cmを含むPDBデータを以下に（2015/08/19公開；他にTh，Sm含むデータも）。

    PDBデータ 4zhdのChain A（Puイオンが結合した金属結合タンパク質）

    		4zhdのChain A（Puイオンが結合した金属結合タンパク質）　同PDBsumデータ4zhd_4OZ（Pu含む）$　4OZ選択
    4zhfのChain A（Cmイオンが結合した金属結合タンパク質）　同PDBsumデータ4zhf_4OL（Cm含む）$
    4zhgのChain A（Amイオンが結合した金属結合タンパク質）　同PDBsumデータ4zhg_4OL（Am含む）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］Puイオンが結合した金属結合タンパク質4zhdのChain A　［左］4zhd（Pu結合）・4zhf（Cm結合）・4zhg（Am結合）のPDBsumデータ

  5. ノロウイルスが変異 免疫持たず大流行のおそれ（NHK，2015/08/28）　※記事中のノロウイルスGII.17でなくGII.10のタンパク質例を以下に。

    PDBデータ 4z4wのChain A（フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質）
    ［Norovirus - Wikipedia］

    		4z4wのChain A（フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質）　同PDBsumデータ4z4w_FUL（フコース）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質例4z4wのChain AとそのPDBsumデータ

  6. 正木和夫・歌島 悠・家藤治幸，『多様な酵母の能力と応用利用─油脂や酵素の生産基盤としての酵母にも注目』，「生物の科学 遺伝」，2015年9月号（特集：分類学と応用科学の接点）　※記事中のcutinase-like enzyme（CLE，クチナーゼ様酵素）の構造例を以下に。

    PDBデータ 2czqのChain A（クチナーゼ様タンパク質）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    クチナーゼ様タンパク質例2czqのChain Aと日本醸造協会誌掲載解説 [PDF]の画像

  7. 今月の分子 189: アミロイド（Amyloids）（PDBj，2015/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 2m4jのModel 1（アミロイドβ線維）
    ［Amyloid - Wikipedia］

    		2m4jのModel 1（アミロイドβ線維）
    2lmnのModel 1（同）
    2lmpのModel 1（同）
    2mxuのModel 1（42残基のアミロイドβ繊維；残基番号11-42）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    アミロイドβ線維の構造例2m4jのModel 1（左）と2mxuのModel 1（右）

  8. RCSB PDB 2015/09/02 新規公開データより：3j9j Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy

    PDBデータ 3j9j（カプサイシン受容体，TRPV1；cryo-EMによる）
    ［TRPV1 - Wikipedia，Cryo-electron microscopy - Wikipedia］

    		3j9j（カプサイシン受容体，TRPV1）
    カプサイシン（capsaicin）
    7xj0（阻害剤Trpvicinが結合したTRPA3）　EQK（Trpvicin）選択　同PDBsumデータ7xj0A_lp[1506(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    カプサイシン受容体 TRPV1 の例3j9j


    阻害剤Trpvicinが結合したTRPA3 7xj0とそのPDBsumデータ

  9. 溶けにくいアイスクリーム誕生へ、天然のタンパク質を活用」 http://bit.ly/1JPW2xw （CNN Japan，2015/09/03）　※“天然のタンパク質「BslA」”（枯草菌亜種由来）の構造を以下に。

    PDBデータ 4bhu（BslA〔Bacterial Surface Layer A〕タンパク質）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    BslA（Bacterial Surface Layer A）タンパク質4bhu

  10. 西條政幸，『新興・再興ウイルス感染症　― SFTS，MERSおよびEVD ―』，「現代化学」，2015年9月号　※SFTS（重症熱性血小板減少症候群）ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質例4j4vを以下に（他に4j4r，4j4s，4j4u，4j4w，4j4xあり）。

    PDBデータ 4j4v（SFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質；阻害剤スラミンが結合）
    ［Severe fever with thrombocytopenia syndrome - Wikipedia，Phlebovirus - Wikipedia，Suramin - Wikipedia］

    		4j4v（フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質）　同PDBsumデータ4j4v_SVR（スラミン）$
    4wmdのChain A（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ）
    4rsp（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ；Chain A・B）　Chain B選択
    4yluのChain A（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ）　同PDBsumデータ4ylu_R30$
    1q2wのChain A（SARSコロナウイルスのプロテアーゼ）
    ファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤，商品名アビガン Avigan）　→ Jmolトピック｜エボラ出血熱　［Favipiravir - Wikipedia］　ファビピラビル三リン酸体T-705RTP（活性体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤スラミンが結合したSFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質4j4vとそのPDBsumデータ


    ［左］ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan）　［中］ファビピラビル三リン酸体T-705RTP（活性体）
    ［右］ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6（ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）のPDBsumデータ
    → Jmolトピック｜エボラ出血熱

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