今週の分子

◆ ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ（環境ホルモンを考える） ◆
★今週の分子／連載110（2007/09/12）：エストロゲン受容体γ（2E2Rより）

RCSB Protein Data Bankで2007/09/11に公表された新規公開データの中に，ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γの構造データがありました。近年内分泌攪乱物質（環境ホルモン）に対する関心は低くなっているようですが，合成化学物質と生体分子との相互作用など，幅広い観点から詳細な研究が続けられています。

PDB 2E2R ｜ Abstract (PubMed)
※参考：Googleによる“ビスフェノールA 受容体 OR レセプター”検索結果

今，内分泌攪乱物質（環境ホルモン）の研究は？

ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ（2E2R）

　2E2R　ビスフェノールA 選択
【他のエストロゲン受容体の例とそのSITE部分】
※SITE情報の記載がないものは1QKUのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出して作成
　1EREのChain A（女性ホルモン17β-エストラジオールを含む）｜SITE
　1ERRのChain A（骨粗鬆症治療薬ラロキシフェン〈raloxifene〉含む）｜SITE
　3ERDのChain A（ジエチルスチルベストロール〈diethylstilbestrol，DES〉を含む）｜SITE

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択
DNA/RNA選択　同バックボーン選択　RNA選択
リガンド選択　
空間充填　球棒　同（球大き目）　スティック　針金
DNA/RNA（ATGCU）
アミノ色　CPK色｜濃赤　濃青
Jmol色　Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　背景・灰　背景・白

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

＝以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照＝

※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

※疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

※等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP
VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

# アミノ酸のコンホメーション選択性参照。

●環境ホルモンと疑われている化合物と受容体などとの相互作用に関する資料例　※その他については環境ホルモン情報参照

加藤隆一・鎌滝哲也編，「薬物代謝学　－医療薬学・毒性学の基礎として－　第2版」，東京化学同人(2000)

※第11章『薬物代謝と毒性学』（内分泌撹乱物質と薬物代謝など）ほか

加藤茂明編，「受容体がわかる　シグナル伝達を司る受容体の機能から多様な生命現象まで」，羊土社(2003)

※第7章『核内ステロイド受容体を介する細胞内シグナル伝達』，第8章『薬物受容体シグナル系』（AhRによるCYP1ファミリーの誘導など）ほか

加藤茂明・植田和光編，「シグナル受容機構の解明が導く創薬・治療への躍進」，羊土社(2006)

※第2章9節『薬物異物受容システム』にAhR，薬物誘導などに関する最近の研究紹介
※第3章2節『核内受容体と創薬』にER（エストロゲン受容体）に関する記述

参考：2章9節p.139図2のPYPのPDBデータ例1odvのChain A

前田紘輔・Alexander SCHUG・渡邉博文・福澤薫・望月祐志・中野達也・田中成典，『エストロゲン受容体のアミノ酸変異によるエストラジオール結合エネルギーの変化』，Journal of Computer Chemistry, Japan, 6(1)，33(2007)　＜PDF版＞

※参考：PDBデータのLigand結合部位（Chime版）による1qkuChain AのSITE部分（上記論文 Figure 3 に対応）

内分泌攪乱物質による生殖への影響とその作用機構に関する研究（国立環境研究所）

「内分泌撹乱物質の評価手法の開発　－内分泌攪乱物質の情報科学的研究」（森田昌敏）

＜内分泌攪乱化学物質データベース，“レポーター遺伝子法”に言及 → 関連ニュース『化学物質の環境ホルモン作用で182物質確認』参照＞

環境ホルモン検出・定量化のための植物バイオセンサーの創製（北海道大学・山崎健一ほか）　※文中のGFPについてはこちらを参照

文部科学省科学研究費補助金特定領域研究(A)「内分泌攪乱物質の環境リスク」

化学物質の神経系への有害性評価のあり方」（国立精神・神経センター神経研究所・高坂新一） [PDF]

国立環境研究所「環境儀」17号『有機スズと生殖異常　海産巻貝に及ぼす内分泌かく乱化学物質の影響』

Interview 研究者に聞く：堀口敏宏さん …有機スズ化合物による巻貝雄化におけるレチノイドX受容体（retinoid X receptor, RXR）の関与
Summary『「有機スズ汚染がイボニシに及ぼす影響の実態とメカニズムの解明」の研究から』
※参考：ヒトのRXRの例（PDB 1g5yのChain A・B）

都市大気中の燃焼由来汚染化学物質の発生源、バイオマス炭素の燃焼が２～4割を占める（海洋研究開発機構，2006/06/06）

講演録：REACH国際市民セミナー「欧州の新化学物質規制REACHと日・米の今後の化学物質政策のゆくえ」（WWFジャパン，2007/03/16） [NEW!]

環境ホルモン学会ニュースレター，Vol.9 No.4（2007/03）

工藤一郎，『精子におけるホスホリパーゼA₂の発現と機能』
藤田正一，『化学物質の感受性を決定するP450及び第II相系抱合酵素の動物種差・系統差』　※参考：P450データ集
小泉昭夫，『脳の情動における毒性学―Anorexigensの毒科学』　※PFOS，PFOAについてははっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性参照

〔左〕分泌性ホスホリパーゼA₂（sPLA₂）のデータ例1db4とフタル酸ジ2-エチルヘキシル（右下）；工藤の解説より
〔右〕PPAR（ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体）-αのデータ例2p54とPFOS（右下）；小泉の解説より

環境ホルモン学会ニュースレター，Vol.10 No.1（2007/06） [NEW!]

高野裕久，『環境化学物質と他の環境要因の複合影響は低濃度効果として発現しうる』
大迫誠一郎，『環境化学物質による後世代影響　～環境エピジェネティクス～』
那須民江，『AhRを介したStyrene trimer (ST-1) の甲状腺ホルモンへの影響』

環境ホルモンと疑われている化合物リストの例

ステロイドホルモンの生合成と代謝 [NEW!]

Chime版コンテンツ　※何れもChimeインストールが必要（ブラウザはIE以外で）

コプラナーPXBによる母乳汚染とベンゼン環から見る生命の世界（こども省，2007/09/11） [NEW!]

環境ホルモン情報

●過去のデータ

第１期（Chime版；一部Jmol版に変更または併設）

No.	分子名
１	カリックス[6]アレーン＋Ｃ₆₀
２	ダイホルタン
３	ネオテーム
４	メチシリン
５	Ca結合タンパク質の例（PDBデータ1A03より）
６	牛インスリンの例（PDBデータ1WAVより）　　※2002年ノーベル化学賞関連
７	マイレックス
８	フェンタニル
９	？《クイズ》
10	ラズベリーケトン
11	L-チロシン
12	PFOS（スルホン酸型）
13	HFE-254pc
14	17β-エストラジオール
15	コウジ酸
16	リシン〔ricin〕
17	ビタミンE〈トコフェロール〉
18	サリドマイド
19	DNA
20	がん抑制遺伝子p53（PDBデータ1TUPより）
21	リバビリン
22	PQQ〈ピロロキノリンキノン〉
23	ジフェニルシアノアルシン
24	ミルナシプラン
25	セドロール
26	ククルビタシン A
27	SARS関連PDBデータ例（1P9Sより）
28	L-テアニン
29	グリチルリチン
30	N-エチル-4-メンタン-3-カルボキサミド
31	エストロゲン受容体4種のSite部分重ね合わせ（PDBデータ1ERE，1ERR，3ERD，3ERTより）
32	ヒアルロン酸（繰り返し単位）
33	アラピリデイン
34	金の入ったタンパク質例（PDBデータ1HUGのSITE部分）
35	レスベラトロール
36	BCAA
37	6-ベンジルアミノプリン
38	イオンチャネルタンパク質の例（PDBデータ1BL8より）　　※2003年ノーベル化学賞関連
39	正常プリオンタンパク質例（PDBデータ1QLZより）
40	DDT，ディルドリンほか
41	パロキセチン
42	オセルタミビル（抗インフルエンザ薬関連）
43	ポリエチレンテレフタレート（PET）
44	デキサナビノール
45	シャペロニンの例（PDBデータ1GRUより）
46	カプサイシン
47	タクロリムス
48	フェンチオン
49	鳥インフルエンザウイルス関連PDBデータ例（1JSOより）　　…鳥インフルエンザ情報
50	インフルエンザウイルス関連PDBデータ例（1INGより）
51	アボパルシン
52	カシュメラン
53	正常プリオンタンパク質例２（PDBデータ1QM2より）
54	塩化メチル水銀　　※参考：水俣病
55	シトクロムP450の例（PDBデータ1OG5より）　　※参考：P450部分データ集
56	温室効果ガス（京都議定書の削減対象）
57	PCBの代謝酵素例（PDBデータ1LKD）
58	塩化カルプロニウム
59	ニコチンが結合したアセチルコリン結合性タンパク質（PDBデータ1UW6より）
60	抗がん剤イマチニブが結合したタンパク質（PDBデータ1IEPより）
61	メチルフェニデート
62	アトルバスタチン
63	ジクロルボス〈DDVP〉
64	最小タンパク質シニョリン（PDBデータ1UAOより）
65	エチニルエストラジオール　　※参考：低用量ピル
66	HIVプロテアーゼと阻害剤（PDBデータ1OHRより）　　※参考：HIVとエイズ
67	5-MeO-DIPT（通称フォクシー）　　※参考：薬物事典
68	ユビキチンの例（PDBデータ1D3Zより）　　※参考：ユビキチン
69	プロテアソームの例（PDBデータ1G0Uより）　　※参考：ユビキチン
70	コエンザイム Q₁₀　　※参考：水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
71	ミフェプリストン　　※参考：ピルの話題 (2)
72	フィナステリド　　※参考：生活改善薬
73	アセトアルデヒド
74	アンドロステノン
75	β-カリオフィレン
76	クラスリンの例（PDBデータ1XI4より）
77	アデノシン
78	フィブリノゲンの成分例（PDBデータ1LTJより）
番外	星形分子（実在しない分子です）
79	MOLDAで組み立てたタンパク質モデル例　※Jmol版
80	エテンスルフェン酸の分子振動　　※参考：分子振動データ集
81	MDMA（iモルダ掲載分子から）　　※参考：薬物事典
82	レトロウイルスのキャプシド六角環構造（PDBデータ1U7Kより）
83	スクラロース　　※参考：甘味物質の秘密
84	時計タンパク質の例（PDBデータ1TF7より）
85	ロドプシンの例（PDBデータ1L9Hより）　　※参考：PDBとSOSUIを利用した演習
86	キネシンの例（PDBデータ3KINより）
87	チミン二量体を含むDNAの例（PDBデータ1T4Iより）　　※参考：DNAの脆弱性と強靭性
88	カドヘリンの例（PDBデータ1EDHより）
89	メタロチオネインの例（PDBデータ1DMDより）　　※参考：バイオレメディエーションとファイトレメディエーション
90	タウリン
91	DESを含むエストロゲン受容体の例（PDBデータ3ERDより）　…「予防原則」を取り上げた本から
92	BCAAその2；Leucine Zipperを含むタンパク質例（PDBデータ1A02より）
93	T4ファージのgp5タンパク質例（PDBデータ1K28より）
94	バクテリオロドプシン中のレチナールの例（PDBデータ1R2Nより）
95	DNAのG-四重らせん構造の例（PDBデータ2A5Rより）　※Jmol版
96	ヌクレオソームコアの構造例（PDBデータ1EQZより）　　※丸善「化学便覧基礎編　改訂5版」CD-ROMに収載のPDBデータから
97	コレラ毒素の例（PDBデータ1XTCほか）
98	コラーゲンの例（PDBデータ1BKVほか）
99	ピロリ菌由来タンパク質の例（PDBデータ1JI4）　　※2005年ノーベル生理学医学賞関連
100	“知恵の輪”分子カテナンの例　…2005年ノーベル化学賞に関連して
101	糖鎖を含むタンパク質の例（PDBデータ2MSBほか）
102	対称構造を持つオリゴマータンパク質の例（PDBデータ1G31ほか）　　※参考：PQSによるタンパク質複合体構造（Jmol版）
103	紅花の色素カルタミン
104	ラメラリン α20-サルフェート（HIVインテグラーゼ阻害剤）　　※参考：HIVとエイズ
105	アプタマーの例（PDBデータ1KOCほか）

第２期（Jmol版）

No.	分子名
106	甲状腺ホルモンと受容体の例（PDBデータ1Y0Xほか）
107	“経口中絶薬”RU-486 を含むPDBデータ例（1NHZより）
108	RNA干渉関連PDBデータ例（2AZ0より）　…2006年ノーベル生理学医学賞に関連して
109	真核生物の遺伝情報転写（1R9Tより）　…2006年ノーベル化学賞に関連して
110	ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ（環境ホルモンを考える）（2E2Rより）　　※参考：環境ホルモン情報

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