

川上モデル(ウシロドプシンPDB 3PQR;右)と同「鍵と鍵穴」模型のプロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体(左)

PDBデータ1f88と3pqr(メタロドプシンII)のPDBsumデータの比較 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞

バクテリオロドプシン中のall-trans-レチナールの構造変化例(酸素原子は省略)
※PDBデータ1r2nから抜粋作成したアニメーション(表示時間の長いカットは,環のねじれに変化が見られる構造)

ポリエン(polyene) H(CH=CH)nH の電子吸収スペクトル

1f88を例にしたPDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習(Chime版)より
左から二次構造,SOSUIによる予測疎水領域,TMHMMによる予測膜貫通領域,SS_PDBのα-helix領域

ウシのロドプシン(暗順応)構造例1jfpとメタロドプシンII構造例1ln6

上掲ウシのロドプシン(暗順応)1jfpの二次構造とI/O値順(特性基 R)着色



PDBデータ例2x72
| ビタミン | ビタミンA (レチノール,C20H30O) |
ビタミンC (アスコルビン酸,C6H8O6) |
|---|---|---|
| 脂溶性・水溶性 | 脂溶性(水に不溶) | 水溶性(0.3 g/ml) |
| 主な働き | 上皮細胞保護,成長促進,視覚の正常化 | コラーゲンの生成,抗酸化作用 |
| 欠乏症 | 夜盲症,成長阻害 | 細菌感染力低下,壊血病 |
| 多く含む食品 | くだもの,緑黄色野菜,レバー,うなぎ | 野菜,くだもの(いちごなど),さつまいも |

※ 脂溶性・水溶性の違いを上の分子構造から考えてみよう!
| 吸収光 | 観察される色 (補色または余色) |
|
|---|---|---|
| 波長 / nm | 吸収光の色 | |
| 400〜435 | 紫 | 緑黄 |
| 435〜480 | 青 | 黄 |
| 480〜490 | 緑青 | 橙 |
| 490〜500 | 青緑 | 赤 |
| 500〜560 | 緑 | 赤紫 |
| 560〜580 | 黄緑 | 紫 |
| 580〜595 | 黄 | 青 |
| 595〜610 | 橙 | 緑青 |
| 610〜750 | 赤 | 青緑 |
| 750〜800 | 紫赤 | 緑 |

光の波長と色

光(電磁波)の波長とエネルギー